Reiki nie jest religią tylko sztuką uzdrawiania, jednak może wspomóc duchową praktykę jakiejkolwiek religii rozwijającej miłość i świadomość poprzez usuwanie przeszkód karmicznych z życia ludzi. Mikao Usui studiował teologie wielu religii. W zasadzie był buddystą Tendai a później Shin Gon i przez jakiś czas praktykował Zen, ale pomagał również misjonarzom chrześcijańskim w ich działalności.

Praktyka Reiki jest możliwa dla wyznawców wielu religii. Reiki jest praktykowane przez buddystów i chrześcijan, hinduistów i taoistów, jest to uniwersalna metoda. Aby mówić o relacji pomiędzy Reiki a religią powinniśmy najpierw zastanowić się nad istotą religii oraz nad tym czym jest Reiki.

Znaczenie opisane w kanji ( japońskim zapisie ) Reiki, składającym się z dwóch członów -
Rei ( duch ) oraz Ki ( siła życia ) wskazuje na to, że energia ta składa się z części duchowej oraz mocy żywiołów, z których czerpie siłę pięć pierwszych czakr. Kanji Rei przedstawia ludzi pracujących na ziemi pod niebem, którzy swą modlitwą ściągają deszcz błogosławieństw pochodzących ze sfery duchowej. Kanji Rei Ki jest japońską wersją chińskiego napisu Ling Chi używanego do wskazania zaawansowanej formy pracy z energią. Napisy Ki oraz Chi są w zasadzie takie same, natomiast z napisu chińskiego Ling można odczytać pewne dodatkowe znaczenia Rei. Otóż w napisie tym zamiast ludzi pracujących na Ziemi pod Niebem znajdziemy trzy poziome kreski połączone pośrodku linią pionową. Te trzy kreski oznaczają trzy poziomy świadomości - Wyższą niedualną Jaźń, ego, oraz nieświadomość, której jest najwięcej ( kreski poziome są od góry coraz dłuższe ). Połączenie ich pionową kreską oznacza połączenie trzech stanów świadomości w jedno oraz człowieka będącego w takim stanie połączenia, czyli Szamana. Gdy taki szaman modli się, wtedy spływa na niego deszcz błogosławieństw.

Słowo religia pochodzi od łacińskiego rdzenia lig. Ligo oznacza łączyć, z przedrostkiem re oznacza "ponowne połączenie (z Bogiem)". Słowo joga tak samo jak religia oznacza połączenie. Bóg, z którym poprzez religię lub jogę ktoś ma się połączyć może być pojmowany przez pryzmat różnych filozofii. Na Zachodzie Bóg jest bardziej stwórcą i zarządcą. W Indii natomiast mamy do czynienia z koncepcją Prawdy Absolutnej, która jest Jednym Bez Wtórego - istnieje tylko Bóg, który jest wszystkim co istnieje w sferze doświadczalnej i poza nią. Jeżeli rozumiemy Boga w ten właśnie sposób, to jest On/Ona jednym a jedna wiedza o Bogu jest prezentowana w różnym stopniu przez różnych nauczycieli stosownie do czasu miejsca i okoliczności. Popularne są również filozofie nihilistyczne, które pojawiły się na Wschodzie.

W religii jedną z form kontaktu z Bogiem jest modlitwa. Jeżeli modlimy się do Boga o uzdrowienie to robimy to samo, co w praktyce Reiki. Jednak w Japonii wyróżnianych jest kilka rodzajów ki, które mają różne nazwy. Rei-ki jest energią pochodzącą z poziomu 3 oka. Można mieć do czynienia również z innymi uzdrawiającymi energiami pojawiającymi się na skutek modlitwy lub medytacji. Reiki służy do uzdrowienia na wszystkich poziomach od fizycznego do przyczynowego co jest pomocne w praktyce religijnej. Jeżeli uzdrawiamy ciało fizyczne okazuje się, że 95% chorób ma podłoże psychosomatyczne - emocje wywołane przez wzorce myślowe zaburzają pracę ciała do takiego stopnia, że zaczyna ono szwankować. Głębokie uzdrawianie przez praktykę Reiki oznacza również uzdrawianie sfery emocji i umysłu, co wspiera praktykę religii gdyż zaburzona emocjonalność i niewłaściwe nawyki myślowe będą zakłócać również praktykę duchową. Strach, zazdrość, pożądanie, chciwość, skąpstwo, żal, nienawiść etc. uniemożliwiają nam dostrojenie się do wyższych duchowych wibracji. Ktoś może bardzo się starać w swoich praktykach religijnych i może być postrzegany jako osoba bardzo religijna, ale jeżeli nie pozbędzie się tych przeszkód to w dalszym ciągu będzie materialistą.

Gdy oczyszczamy swoją aurę z blokad emocjonalnych i mentalnych, szczególnie gdy oczyszczamy serce aby obudzić miłość, duchowa moc płynąca z modlitwy i medytacji o wiele łatwiej wnika do świadomości.